Een veteraan uit de Amerikaanse Indianenoorlogen, kapitein Nathan Algren (Cruise), arriveert in Japan in 1876, om de soldaten van Keizer Meiji te trainen voor een gevecht tegen samurai die in opstand zijn gekomen. Als de gewonde Algren na een veldslag door de samurai wordt meegenomen, ziet hij waarom ze hun leven wagen voor hun land, en moet hij kiezen voor wie hij wil vechten.