Mean Girls gaat over een ernstige zaak waar meisjes in het hele land mee te maken hebben. Het is het verhaal van Cady Heron (Lindsay Lohan) die volkomen onbekend is met sociale verhoudingen wanneer ze voor het eerst naar North Shore High School gaat in een klein stadje net buiten Chicago, Illinois. Cady heeft twaalf jaar in Afrika gewoond en ze heeft er geen idee van hoe 'barbaars' het toe kan gaan in de beschaafde wereld tot ze het pad kruist van een van de gemeenste soorten: de bijenkoningin. Op deze school is dat de coole en berekenende Regina George (Rachel McAdams).

Maar Cady kruist niet alleen het pad van de bijenkoningin: ze steekt haar zelfs wanneer ze verliefd wordt op Regina's ex-vriendje Aaron Samuels (Jonathan Bennett). Regina is vastbesloten om terug te steken en doet alsof ze nog steeds om Aaron geeft om hem ervan te weerhouden met Cady uit te gaan. En dat terwijl ze al die tijd doet alsof ze Cady's vriendin is. Er zit niets anders op dan op dezelfde manier te werk te gaan en de Girl World-strijd escaleert tot de hele school wordt meegesleurd in een ordinaire vuilspuiterij van jewelste. Omgeven door sporters, wiskundefanaten, geschifte docenten en plenty subculturen klimt Cady omhoog - en glijdt er weer af - op de schokkende sociale ladder van het derde jaar. Het leven in de jungle blijkt een makkie vergeleken met dat op de middelbare school.