Fast hätte Shinji die Fortsetzung des Third Impact ausgelöst, doch durch Kaworus Aufopferung konnte die Welt vor Schlimmerem bewahrt werden. Gemeinsam mit dem jüngeren Klon von Rei und Asuka irren sie durch das verwüstete Neo Tokyo-3. Mit der Besatzung des Kampschiffs AAA-Wunder bereiten sich Sinji uns Asuka auf den letzten Kampf gegen die NERV-Organisation vor. Am Südpol werden sie dabei in den Forth Impact hineingezogen - werden sie diesen noch aufhalten können?