ニック・ハロウェイ（チェヴィ・チェイス）は仕事もプライヴェートもソツなくこなす会社員。ある日彼は会社の帰りに立ち寄ったアカデミー・クラブで友人ジョージ（マイケル・マッキーン）から美しいドキュメンタリー映画作家アリス（ダリル・ハンナ）を紹介される。一目でお互いに惹かれ合った2人はデートの約束をして別れた。翌日、ニックはマグナ社の研究所の講演会に出席するが途中で退屈して会場を抜け出し、重役専用の部屋で眠り込んでしまう。その時、研究所で事故が発生、人々は避難するが、それに気づかなかったニックは建物の一部とともに体が透明になってしまった。彼が叫び声をあげたために存在を気づかれ、秘密警察のジェンキンズ（サム・ニール）に追われるはめになる。海辺にあるジョージの別荘に逃げ込み、身を潜めたのも束の間、ジョージと恋人エレン（パトリシア・ヒートン）がアリスと友人を連れてやって来る。ニックはアリスを電話で呼び出してすべてを説明、アリスも彼の力になることを決意する。ジェンキンズに居場所を知られた2人は列車で逃亡するが、アリスは追っ手に捕まってしまう。ニックは一計を案じてジョージをニックに見せかけてアリスを救い出すことに成功するが、ジェンキンズにビルの屋上に追いつめられる。姿が見えないことを利用してジェンキンズにビルから足を踏み外させ、彼自身も自殺したように見せかけて追っ手を巻いたニックとエレンは、手を取り合って歩いて行くのだった。