Folge 1: Zeit des Widerstands (A Time to Stand)
Die Sternenflotte verliert weiter an Boden angesichts der Übermacht des Dominion, das immer weiter in den Alpha-Quadranten eindringt. Sisko bekommt die Aufgabe, sich hinter die Front zu begeben und dort ein Nachschub-Depot des Gegners auszuschalten. Unterdessen geht der Kampf um die Station weiter: Kira und Odo versuchen sich mit den neuen Machthabern auf DS9 zu arrangieren und irgendwie mit den Kräften des Dominion und der Cardassianer klarzukommen...

Folge 2: Entscheidungen (Rocks and Shoals)
Sisko und seine Crew stranden auf einem Planeten im Gebiet des Dominion, doch sie sind nicht alleine. Eine Gruppe von Jem'Hadar erlitt ebenfalls eine Bruchlandung. Obwohl beide Seiten von Unterstützung abgeschnitten sind, kämpfen die Jem'Hadar weiter. Ihr Vorta ist allerdings weniger loyal. Währenddessen wird Deep Space Nine von einem Vedek besucht. Dieser begeht Selbstmord, und Kira muß damit fertig werden...

Folge 3: Söhne und Töchter (Sons and Daughters)
Worf und Martok befinden sich auf der Rotarran. Ein Besatzungsmitglied des klingonischen Schiffes ist Alexander - Worfs Sohn. Wie sich herausstellt, haben Vater und Sohn sich voneinander entfremdet, und als Alexander auf einem Klingonenschiff anmustert, muß Worf sich fragen, ob er als Vater versagt hat...

Folge 4: Hinter der Linie (Behind the Lines)
Die Crew hat eine Sensorenstation des Dominion entdeckt, die der Grund dafür zu sein scheint, daß das Dominion der Föderation immer einen Schritt voraus ist. Die Defiant wird unter Dax damit beauftragt, diese zu zerstören. Während Sisko aus Sorge um sein Schiff und seine Crew keinen Schlaf findet, erhält Odo auf der Station Besuch von der weiblichen Formwandlerin. Als Odo Kira erzählt, daß er sich mit dem anderen Formwandler verbunden hat, nimmt sie ihm das Versprechen ab, dies nicht noch einmal zu tun...

Folge 5: Ein kühner Plan (Favor the Bold)
Sisko und die Defiant-Crew riskieren Kopf und Kragen bei dem Versuch, Deep Space Nine zurückzuerobern, was der Föderation eine bevorzugte strategische Position einräumen würde - doch Sisko muß sich mit Gegnern auseinandersetzen, mit denen er nicht gerechnet hat...

Folge 6: Sieg oder Niederlage? (The Sacrifice of Angels)
Sisko greift mit einer mächtigen Flotte die Cardassianisch-Dominialen Streitkräfte vor DS9 an. Er will die Station zurückgewinnen bevor es den Cardassianern gelingt, das Minenfeld, das das Wurmloch verschließt, zu sprengen. Auf der anderen Seite des Wurmlochs warten 34000 Jem'Hadar-Schiffe als Verstärkung. Der Preis, den Sisko für die Zurückeroberung zahlen muß, ist hoch: Viele werden zum Teil schwer verletzt und Dukats Beziehung zu seiner halbbajoranischen Tochter Ziyal erfährt ein schlechtes Ende: Ziyal wird getötet...

Folge 7: Klingonische Tradition (You are Cordially Invited)
Während die Föderation nach wie vor im Krieg ist und das Leben auf Deep Space Nine sich wieder normalisiert, planen Dax und Worf ihre lang erwartete Heirat. Worf's Pläne für eine traditionelle klingonische Hochzeit werden jedoch überschattet, als Martok's Ehefrau Sirella sich weigert, Dax in ihrer Familie zu akzeptieren. Dies ist jedoch erforderlich, damit Dax in das Haus des Martok aufgenommen werden kann...

Folge 8: Erkenntnis (Resurrection)
Ein Fremder beamt an Bord der Station und nimmt Kira als Geisel. Sie ist schockiert, als sie sieht, daß er aussieht wie Vedek Bareil, ihr verstorbener Geliebter. Es ist auch Bareil, allerdings aus dem Spiegel-Universum. Er bittet um Asyl auf der Station und Sisko gewährt ihm dies...

Folge 9: Statistische Wahrscheinlichkeiten (Statistical Probabilities)
Dr. Bashir findet heraus, daß er nicht der einzige ist, der genetisch aufgeputscht wurde. Vier weitere "Mutanten" kommen auf die Station, damit man ihnen an Bashir ein Beispiel präsentieren kann. Denn ihre Verbesserungen sind von schweren psychischen Nebeneffekten begleitet. Also setzt sich Julien mit dem aggressiven Jack, der empfindsamen Lauren, dem unbeständigen Patrick und der scheuen Sabrina zusammen. Bei einer Rede Damars können sie allein aus dessen Körpersprache seine Vorgeschichte erkennen. Da fällt Julien ein, daß man zusammen einen taktischen Plan gegen das Dominion entwerfen könnte...

Folge 10: Der glorreiche Ferengi (The Magnificent Ferengi)
Der Grosse Nagus teilt Quark mit, dass Quarks Mutter Ishka vom Dominion entführt wurde. Quark soll helfen, sie zu befreien. Er holt erst einmal Rom und Nog zu sich, die helfen sollen und fliegt zur Sternenbasis 173, wo er seinen Cousin Gaila aus dem Gefängnis holt. Schließlich finden sie noch jemanden, der sein Schiff zur Verfügung stellt...

Folge 11: Das Gute und das Böse (Waltz)
Dukat soll wegen Kriegsverbrechen vor Gericht gestellt werden. Sisko begleitet ihn, doch dann wird sein Schiff angegriffen und stürzt auf einen Planeten. Nun sitzt Sisko mit Dukat, der wegen des Todes seiner Tochter Ziyal wahnsinnig geworden ist, auf einem Planeten fest. In Halluzinationen befehlen ihm Damar und Weyoun, Sisko zu töten...

Folge 12: Wer trauert um Morn? (Who Mourns For Morn)
Morn ist mit seinem Schiff in einen Ionensturm geraten. Er wird für tot erklärt. Sein Eigentum hat er Quark vermacht. Darunter befindet sich auch ein Los der bolianischen Lotterie. Danach hat Morn 1000 Barren goldgepreßtes Latinuum gewonnen. In Morns Quartier ist aber nur ein Gemälde. Quark ist so wütend, daß er das Bild kaputt macht. Dabei kommt ein Streifen Latinum zum Vorschein, auf dem sich eine Nummer befindet...

Folge 13: Jenseits der Sterne (Far Beyond the Stars)
Sisko leidet an einer Krankheit, in der er Erinnerungen an die Erde im Jahr 1953 hat. Er lebt in Manhatten als SF-Autor, der über DS9 schreibt. Da er ein "Neger" ist, will niemand seine Geschichten kaufen...

Folge 14: Das winzige Raumschiff (One Little Ship)
Die Defiant untersucht ein Subraumphänomen. Hierzu muss die Rubikon samt Bashir, O'Brien und Dax auf Streichholzschachtelgröße geschrumpft werden. Da wird die Defiant von Jem'Hadar angegriffen. Das Shuttle wird von der beschädigten Defiant im letzten Moment aus dem Subraum gezogen, bevor die Systeme der Defiant ausfallen und sie von den Jem'Hadar geentert wird...

Folge 15: Ehre unter Dieben (Honor Among Thieves)
O'Brien wird mit einer Spionagemission beauftragt. Mit Hilfe von Bilby dringt er in das Orion-Syndikat ein. Offenbar will das Syndikat ein Bündnis mit dem Dominion eingehen und den klingonischen Botschafter umbringen. Die Tat soll dann anderen Klingonen in die Schuhe geschoben werden...

Folge 16: Wandel des Herzens (Change of Heart)
Dax und Worf befinden sich auf einer Geheimmission. Sie sollen hinter den cardassianischen Grenzen einen Überläufer abfangen. Als sie von den Jem'Hadar angegriffen werden, können sie die Jem'Hadar zwar außer Gefecht setzen, doch Dax wird schwer verletzt. Sie entscheiden sich, dass Worf alleine weitermachen soll. Worf zieht los, kehrt aber bald wieder zu Dax zurück. Er lässt den Überläufer entkommen...

Folge 17: Tiefes Unrecht (Wrongs Darker Than Death or Night)
Mit dem Drehkörper der Zeit gelingt es Kira, in die Vergangenheit zu reisen. Sie hatte bislang immer geglaubt, ihre Mutter sei getötet worden. Doch jetzt erfährt sie endlich die Wahrheit: Ihre Mutter war Dukats Geliebte!...

Folge 18: Inquisition (Inquisition)
Bashir soll sich auf eine medizinische Konferenz auf Risa begeben. Doch plötzlich kommen Sicherheitsleute der Sternenflotte, die die Station abdichten, weil sich auf ihr ein Spion des Dominion verstecken soll. Bashir soll als erster befragt werden. Der Leiter Sloan konfrontiert Bashir mit sehr vielen Fragen über seine Gefangenschaft und seine genetische Aufbesserung...

Folge 19: In fahlem Mondlicht (In the Pale Moonlight)
Sisko sitzt in seinem Quartier und macht seine Logbucheinträge. Er erinnert sich an die vergangenen Ereignisse. Am Freitag ist es zu einem traurigen Rekord gekommen. Das millionste Jem'Hadar-Schiff hat die romulanische Grenze überquert und die Föderation angegriffen. Sisko möchte deswegen, daß sich die Romulaner nicht länger aus dem Krieg heraushalten. Er bittet Garak um Hilfe. Garak bietet an, den romulanischen Senator Vreenak auf die Station zu holen und ihn mit einer holographischen Erscheinung von Weyoun zu täuschen. Ein gewisser Tolar soll dabei helfen. Doch als Vreenak die Station erreicht, lässt Garak sein Schiff in die Luft jagen. Die Romulaner denken an eine Falle des Dominion und erklären dem Dominion den Krieg...

Folge 20: Auf seine Art (His Way)
Bashir hat ein neues Holosuite-Programm. Darin gibt es die Holodeckfigur Vic Fontaine, einen Sänger in Las Vegas. Vic erkennt Odos Liebe zu Kira. Als Kira nach Bajor fliegt, um ihren Ex-Freund Shakaar zu besuchen, geht es Odo noch schlechter. Also leiht sich Odo das Holoprogramm von Bashir aus. Vic überredet Odo, im Holodeck mit ein paar Hologirls den Umgang mit Frauen zu üben. Als Kira zurückkehrt, hat Vic einen Plan. Er redet Odo ein, er treffe sich abends in der Holosuite mit einer holographischen Kira. In Wahrheit soll es aber die echte Kira sein...

Folge 21: Zeit der Abrechnung (The Reckoning)
Das Vertrauen der Bajoraner wird angesichts des reinen Bösen getestet. Die Pahgeister, die schon Keiko übernommen hatten, kehren zurück. Diesmal nehmen sie Besitz von Jake, während Kira von den Propheten kontrolliert wird. Es kommt zum Kampf zwischen Gut und Böse...

Folge 22: Valiant (Valiant)
Nog und Jake werden von der USS Valiant hinter feindlichen Linien aufgenommen. Doch die Crew besteht nicht aus normalen Sternenflotten-Offizieren, sondern aus der Kadetten-Elitetruppe "Red Squad". Diese Jungs scheinen ziemlich von sich selbst überzeugt zu sein. Doch ein Angriff der Jem'Hadar bedroht die Valiant und ihre Besatzung...

Folge 23: Die Beraterin (Profit and Lace)
Ishka besucht zusammen mit Zek die Station. Dieser ist nun nicht mehr der Große Nagus, weil er wegen Ishka ein Gesetz erlassen hat, das Frauen die gleichen Rechte wie Männern zusichert. Er wurde abgesetzt und soll in drei Tagen durch Brunt ersetzt werden. Quark und Rom versuchen nun, dies zu verhindern...

Folge 24: Das Zeitportal (Time's Orphan)
Auf ihrem fünften Geburtstag soll Molly O'Brien plötzlich die Erscheinung einer 18jährigen bekommen. Sie wird auf einem nahegelegenen Planeten, auf dem die O'Briens ein Picknick machen, von einem Zeitstrudel verschlungen, der sie 300 Jahre in die Vergangenheit versetzt. Man kann sie zurückholen, doch der erste Versuch schlägt fehl...

Folge 25: Der Klang ihrer Stimme (The Sound of her Voice)
Auf der Defiant wird ein Notruf des gestrandeten Offiziers Lisa Cusak aufgenommen, deren Rettungskapsel nach der Zerstörung ihres Schiffes auf einem Planeten abgestürzt ist. Eine Zweiwegekommunikation kann zwar nicht errichtet werden, aber Lisa kann an die Defiant senden, während diese auf eine Sechstagereise geht, um Lisa zu retten. O'Brien hört der - ab und zu amüsanten - Stimme zu, als Lisa plötzlich zu ihm spricht, als er sich gerade mit Kasidy Yates unterhält. Die Beiden erkennen, daß der Kontakt schliesslich doch hergestellt wurde, und sie weiss, daß sie gerettet wird...

Folge 26: Tränen der Propheten (Tears of the Prophets)
Die Sternenflotte entscheidet sich, im Krieg in die Offensive zu gehen. In diesem Zuge leitet Sisko eine Invasion auf Cardassia. Das erste Ziel ist das Chin'toka-System, das nur leicht bewaffnet ist. Doch die Föderation ist sich nicht bewußt, daß das Dominion heimlich hunderte von orbitalen Verteidigungsplattformen in diesem System installiert hat, und daß Gul Dukat zurückgekehrt ist und behauptet, dass er den Schlüssel zum Sieg über Sisko und die Föderation hat...