Folge 1: Das Gesicht im Sand (Image in the Sand)
Eine neue weibliche Dax kommt ab Episode 151 "Das Gesicht im Sand" als Crewmitglied an Bord, "Ezri Dax", gespielt von Nicole deBoer. Fähnrich Ezri Dax (Nachfolgerin von Jadzia Dax) ist, wie Ronald D. Moore sagte, ein in der Ausbildung befindlicher Counselor. Somit wird zum ersten Mal in der Geschichte von DS9 ein Counselor der Sternenflotte an Bord sein! Drei Monate nachdem Gul Dukat Jadzia Dax getötet und das Wurmloch versiegelt hat, hat sich das Leben auf Deep Space Nine verändert. Kira, die derzeit das Kommando hat, ist empört, als Admiral Ross ihr mitteilt, daß die Romulaner die Station ebenfalls als Stützpunkt nutzen und eine Basis dort einrichten wollen. Sisko hat sich derweil auf die Erde zurückgezogen und sucht nach einem Weg, die Propheten zu erreichen. Als Sisko eine Vision vom Gesicht einer Frau hat, das im Sand begraben ist, zeichnet er es nach und Jake erkennt die Frau auf einem Foto seines Grossvaters wieder...

Folge 2: Schatten und Symbole (Shadows and Symbols)
Sisko sucht nach den Propheten und findet etwas Erstaunliches - den Drehkörper des Abgesandten, durch welchen eine vollkommen neue Beziehung zwischen Sisko und den Propheten geschaffen und seine Rolle als Abgesandter neu definiert wird. Währenddessen leiten Worf, O'Brien, Bashir und Quark ihre eigene Mission: Sie wollen eine Flotte des Dominion angreifen, um der Seele von Jadzia einen Platz im klingonischen Sto-vo-kor zu sichern...

Folge 3: Nachempfindung (Afterimage)
Ezri hat Probleme damit, sich in die Crew zu integrieren. Zudem muß sie mit ihrer ungewollten Vereinigung und dem Dax-Symbionten klarkommen und Garak auch noch helfen, seine Klaustrophobie loszuwerden. Sie selbst muss damit fertig werden, dass die DS9-Crew Dax in ihr sieht und ganz besondere Erwartungen an sie richtet...

Folge 4: Wettkampf in der Holosuite (Take me out to the Holosuite)
Der vulkanische Captain Solok fliegt die Station wegen Reparaturarbeiten an. Er fordert seinen früheren Klassenkameraden Sisko zu einem Baseballspiel heraus. Siskos Crew soll gegen die von Solok antreten. Benjamin will unbedingt Solok schlagen, auch wenn noch niemand aus seiner Crew jemals Baseball gespielt hat...

Folge 5: Sarina (Chrysalis)
Die Gruppe genetisch Aufgebesserter flieht aus der Heilanstalt. Sie hoffen, daß Doktor Bashir ein Heilmittel für Sarina findet. Bahir versucht es tatsächlich mit einer unerprobten Behandlung an ihrem Gehirn. Kurz darauf beginnt Sarina zu sprechen...

Folge 6: Verrat, Glaube und gewaltiger Fluss (Treachery, Faith and the Great River)
Odo wird zu einem geheimen Treffpunkt gelockt, wo er auf Weyoun trifft. Dieser erklärt ihm, daß er überlaufen will und wichtige Informationen anzubieten hat, die der Föderation helfen können, den Krieg zu gewinnen. Nachdem die beiden Odos Runabout betreten, werden sie von den Cardassianern gerufen. Odo ist vollkommen verwirrt: Auf dem Bildschirm sieht er Damar, neben ihm steht - Weyoun! Es stellt sich heraus, daß Odo Weyoun Nr. 6 an Bord hat, während der grosse Kriegsherr Weyoun Nr. 7 ist...

Folge 7: Der Dahar-Meister (Once More Unto the Breach)
Der Klingone Kor kehrt auf die Station zurück und versucht, eine Rolle im Dominion-Krieg zu bekommen. Wie es scheint, hat er seinen Einfluss im Klingonischen Reich gänzlich verloren und hat nun sehr viele Feinde. Er bittet Worf um Hilfe, muss jedoch feststellen, daß General Martok vollkommen dagegen ist, ihm zu helfen, da Kor ihm vor vielen Jahren eine Beförderung verweigert hat. Dann stellt sich jedoch heraus, daß Kor im Sterben liegt, im reifen Alter von über 140 Jahren. Er lässt seine früheren Abenteuer mit Koloth, Kang und James T. Kirk noch einmal Revue passieren...

Folge 8: Die Belagerung von AR-558 (The Siege of AR-558)
Während er einen Versorgungsflug zur Front macht, entdeckt Sisko auf dem öden Planeten AR-558 Sternenflottentruppen, die bei der seit fünf Monaten andauernden Belagerung der größten Kommunikationsanlage des Dominion schwer dezimiert wurden. Wenn sie es schaffen, herauszufinden, wie sie funktioniert, könnte die Sternenflotte Transmissionen des Dominion abhören. Zusätzlich zu den täglichen Geplänkeln mit dem Feind werden die Soldaten von "Houdinis" bedroht. Dies sind Antipersonenminen, die sich im Subraum verstecken und dann ohne Warnung explodieren. Sisko, der entschlossen ist, der kommandierenden Nadia Larkin und ihren Truppen zu helfen, offenbart seiner völlig überraschten Crew, dass man auf unbestimmte Zeit in der Gegend bleiben wird...

Folge 9: Entscheidung auf Empok Nor (Covenant)
Vedek Fala, ein bajoranischer Mönch und Kiras früherer Lehrer kommt, um Kira zu besuchen. Er gibt Kira einen Kristall, der sie nach Empok Nor führt. Dort trifft sie zu ihrem Entsetzen auf ihren alten Feind Dukat, der auf dieser verlassenen Station Anführer einer religiösen Sekte ist, die die Pah-Geister verehren. Dukat möchte, dass Kira sich der Sekte anschliesst...

Folge 10: Leben in der Holosuite (It's only a Paper Moon)
Nog verliert in einer Schlacht sein Bein. Auf der Station soll er sich nun erholen. Die Crew versucht ihr Bestes, ihn aufzuheitern. Doch dem jungen Fähnrich geht es immer schlechter, sowohl physisch als auch psychisch. Obwohl sein biosynthetisches Bein perfekt funktioniert, kann er sich mit den einhergehenden Einschränkungen nicht abfinden. Nachdem er alle, die ihm helfen wollten, vertrieben hat, sucht Nog auf dem Holodeck Vic Fontaine auf...

Folge 11: Die verlorene Tochter (Prodigal Daughter)
Sisko ist ausser sich, als er hört, daß O'Brien auf einer heimlichen Reise nach New Sydney verschwunden ist. Er suchte dort nach der Witwe des kriminellen Bilby. Da Ezris Familie eine Minenfabrik in dem System besitzt, bittet Sisko sie um Hilfe. Ezri kehrt nach Hause zurück, wo sie auf ihre dominante Mutter Yanas Tigan trifft...

Folge 12: Die Tarnvorrichtung (The Emperor's New Cloak)
Bei einer Geschäftsreise ins Spiegeluniversum verschwindet der Große Nagus Zek. Er wird von der bösen Allianz gefangengehalten und getötet, wenn man ihn nicht mit einer Tarnvorrichtung freikauft. Also stehlen Quark und Rom eine Tarnvorrichtung von einem klingonischen Schiff und reisen mit Ezri zurück in das Spiegeluniversum, um Zek auszulösen...

Folge 13: Freies Schussfeld (Field of Fire)
Ein junger Lieutenant namens Ilario wird tot in seinem Quartier aufgefunden. Bei der Untersuchung stellt sich heraus, dass er mit einem TR-116-Gewehr erschossen wurde, einer Waffe, die von der Sternenflotte entwickelt, jedoch nie in Serie produziert wurde. Währenddessen begegnet Ezri in ihren Träumen einer früheren Inkarnation von Dax. Joran, der sich selbst für einen Mörder ausgibt, drängt Ezri dazu, seine verwirrten Erinnerungen dazu zu benutzen, den Mörder Ilario zu fassen. Als Ezri aufwacht, erfährt sie, dass ein zweiter Mord vorgefallen ist...

Folge 14: Hirngespinst (Chimera)
Odo kehrt von einer Konferenz mit einem unerwarteten Gast zurück: Ein Gründer, der sich in sein Runabout eingeschlichen hat. Odo erkennt in ihm jedoch einen der hundert Formwandler, die wie er ausgesandt wurden, als sie noch jung waren, um mehr über andere Völker der Galaxis zu erfahren. Auf der Station übergibt Sisko den Formwandler in die Obhut Odos. Er bezeichnet sich selbst als "Laas". Bald schon beginnt er, Odo nach den anderen seiner Rasse zu fragen, und nach der großen Verbindung, die es angeblich ermöglichen soll, sich mit anderen Formwandlern zu verbinden. Odo erkennt, dass der Formwandler noch nie Kontakt zu den Gründern hatte und nun mehr über seine Rasse erfahren will...

Folge 15: Badda-Bing, Badda-Bang
Miles und Julien entspannen sich gerade auf dem Holodeck in Vic Fontaines Las Vegas Lounge, als der Gangster Frankie Eyes auf einmal hereinkommt und ihnen mitteilt, dass er das Hotel gekauft habe. Als erstes feuert er Vic. Die Crew findet heraus, daß Frankie von vornherein ein Teil des Programmes war. Das Benehmen Frankies und die neue Atmosphäre in der Lounge gefällt ihnen gar nicht, und als Vic verprügelt wird, entscheiden sie, daß Frankie aus dem Programm gelöscht werden muss. Doch der Designer des Programms hat sich einiges einfallen lassen: Frankie muß auf die Art und Weise eliminiert werden, wie man sich auch 1962 im realen Leben unliebsame Leute vom Hals schaffte...

Folge 16: Unter den Waffen schweigen die Gesetze (Inter Arma Enim Silent Leges)
Gerade, als er zu einer Konferenz auf Romulus aufbrechen will, erhält Dr. Bashir Besuch von Sloan, dem Kopf der Sektion 31. Dieser bittet den widerwilligen Bashir, für ihn Informationen über die romulanische Regierung zu sammeln. Bashir geht damit zu Sisko, der sehr besorgt ist. Die Sektion 31 ist inzwischen von der Föderation verboten und geächtet worden, aber es scheint immer noch Leute in der Regierung zu geben, die diese Organisation schützen. Nach einem Gespräch mit Admiral Ross gibt Sisko Bashir den Auftrag, mit Sloan zusammenzuarbeiten, um mehr über ihn und seine Motive herauszufinden...

Folge 17: Im Ungewissen (Penumbra)
Dukat und Damar hecken einen Plan aus, der dazu führt, daß sich Dukat chirurgisch in einen Bajoraner verwandelt. Offenbar will Dukat den Drehkörper des Abgesandten stehlen. Währenddessen macht sich Ezri auf die Suche nach Worf, der als vermißt gemeldet wurde, nachdem die Rotarran in einen Hinterhalt gelockt wurde. Auch schmieden Kasidy und Sisko Hochzeitspläne. Die Propheten jedoch denken, daß das keine gute Idee ist...

Folge 18: Bis dass der Tod uns scheide ('Til Death Do Us Part)
Kai Winn kommt auf die Station, um Sisko bei seiner Hochzeit zu "assistieren". Sisko gibt zu, daß die Propheten ihm mitgeteilt haben, daß er sich bald dafür verantworten müsse. Später hat Winn eine langerwartete Vision von den Propheten. Sie teilen ihr mit, daß sie bald Besuch von einem "Führer" bekommen werde. Die Propheten hoffen, daß die beiden zusammen Bajor wiederherstellen können. Kurz bevor Sisko Kasidy mitteilt, daß die Hochzeit abgesagt werden muss, erscheint ein zu einem Bajoraner namens Anjohl umoperierter Dukat auf der Promenade...

Folge 19: Eine sonderbare Kombination (Strange Bedfellows)
Worf und Ezri werden auf ein Schiff des Dominion gebeamt, wo der weibliche Wechselbalg und Thot Gor, die jeweiligen Führer der neuen Allianz zwischen Dominion und Breen, bereit sind, einen Vertrag zu unterzeichnen, um die Föderation zu vernichten und den Krieg zu beenden. Damar, der Führer der Cardassianer, weigert sich jedoch, zu unterzeichnen, weil Thot Gor Bedingungen stellt, die seiner Ansicht nach Cardassia schaden würden. Derweil verbünden sich Kai Winn und Dukat, um Bajor wiederherzustellen, auch, wenn der Abgesandte ihnen im Weg steht...

Folge 20: Im Angesicht des Bösen (The Changing Face of Evil)
Die Crew ist erleichtert, daß Worf und Ezri wieder zu Hause sind, jedoch wird diese Freude vom Angriff der Dominion-Breen-Allianz auf das Sternenflottenhauptquartier auf der Erde getrübt. Währenddessen plant Damar, der Cardassia nun vom Dominion besetzt sieht, die Befreiung seiner Heimat. Anjohl/Dukat versucht derweil, Kai Winn dazu zu überreden, in den bajoranischen Feuerhöhlen die verbotenen Schriften von Koss Amojan zu lesen und damit die Pagh-Geister zu befreien...

Folge 21: Ein Unglück kommt selten allein (When it Rains)
Sisko ist von Damars Plänen, einen Widerstand gegen das Dominion aufzubauen, begeistert und befiehlt Kira, ihre Feindseligkeit gegenüber Cardassianern beiseite zu legen und Damars Gruppe in Widerstandstaktik zu trainieren. Um auch die cardassianische Antipathie gegen eine Bajoranerin wie Kira zumindest ansatzweise zu mildern, gibt er ihr einen Sternenflottenrang und eine Uniform. Derweil bittet Bashir, der ein Heilmittel für die Gründer-Krankheit sucht, Odo um das Gründer-Äquivalent einer Hautzellenprobe. Unterdessen studiert Kai Winn in den bajoranischen Feuerhöhlen die verbotenen Schriften von Kosst Amojan, um zu erfahren, wie sie die Pagh-Geister befreien kann...

Folge 22: Kampf mit allen Mitteln (Tacking into the Wind)
Odo leidet weiter an der Gründer-Krankheit und versucht erfolglos, diese vor Kira zu verbergen, die derweil mit Garak zusammen den cardassianischen Widerstand unterstützt. Während Garak und Damar planen, ein neues Cardassia nach dem Krieg aufzubauen, planen sie zusammen mit Kira und jemandem namens Gul Rusot, ein Breen-Schiff zu stehlen, das mit der neuen Waffe ausgerüstet ist...

Folge 23: Extreme Massnahmen (Extreme Measures)
O'Brien & Bashir suchen verzweifelt nach einem Heilmittel für die Gründer-Krankheit und planen, Sloan von der Sektion 31, die die Krankheit verursacht hat, auf die Station zu locken, um ein Heilmittel zu finden...

Folge 24: In den Wirren des Krieges (The Dogs of War)
Während Ezri und Bashir Scheu haben, miteinander über ihre Gefühle zu reden, wächst die Unterstützung für den cardassianischen Widerstand. Doch viele Rebellen werden in einen Hinterhalt gelockt und getötet. Derweil kommt die neue Defiant (NCC-74205-A) an und Sisko plant eine weitere Offensive gegen das Dominion...

Folge 25: Das, was Du zurücklässt (What You Leave Behind, Part 1 + Part 2)
Während seine Frau Kasidy ein Kind erwartet, zieht Sisko in die Schlacht. Er leitet eine letzte große Offensive gegen das Dominion und ist siegreich. Gleich nach seinem Sieg jedoch hat er wieder eine Vision von den Propheten, die ihm mitteilen, daß sein Werk noch nicht vollendet ist. Er muß noch Dukat unschädlich machen, der die Kräfte des Bösen nutzen will, um seinen endgültigen Sieg zu erringen...