Als ein Shuttle der Föderation auf einem wüstenartigen Planeten landet, wird die Crew gefangen genommen und gefoltert. Der Anführer der Gruppe ist Khan, ein genmanipulierter Tyrann, der nur ein Ziel hat: Rache an Captain Kirk und der Enterprise. Auf seinem Rachefeldzug schreckt Khan vor nichts zurück. Er greift die Enterprise an und beschädigt sie schwer: der Reaktor ist defekt und die Enterprise schwebt hilflos im Weltraum ...