Vor 30 Jahren: Aliens landeten zum ersten Mal auf der Erde. Die Menschen warten seitdem auf den feindlichen Übergriff oder auf den gigantischen technologischen Fortschritt. Doch nichts davon geschah. Die Aliens kamen als letzte Überlebende ihres Heimatplaneten als Flüchtlinge auf die Erde. Während die ganze Welt darüber diskutierte, was mit ihnen passieren soll, wird ihr Raumschiff vorübergehend nach District 9, einem Armenviertel in Südafrika, versetzt.

Um die wachsende Angst der Menschen über die andauernde Situation zu entschärfen, übernimmt die Gruppe Multi-National United (MNU) die Aufsicht über die Aliens. Diese sind allerdings nicht am Wohl der Flüchtlinge interessiert, sondern haben ihren eigenen Plan – sie wollen die Waffen der Außerirdischen zu ihren Gunsten nutzen. Doch bislang scheiterte dieses Vorhaben, da die Aktivierung der Waffen nur mit Hilfe der DNA der Aliens funktioniert.

Als sich der Agent der MNU Wikus van der Merwe (Sharlto Copley) mit einem mysteriösen Virus infiziert, der seine DNA verändert, wird er zum meist gesuchten und gleichzeitig verletzlichsten Mann der Erde – denn er ist der Schlüssel, um das Geheimnis der Technologie der Aliens zu lüften.